El ninja era gran conocedor de las fortificaciones, las técnicas de infiltración abarcaba desde incursiones a poblados hasta la penetración en castillos. Una de las artimañas que utilizaba era disfrazarse o hacerse pasar por un enfermo, solicitando asistencia al señor del castillo. Cuando lograba su propósito, tomaba notas mentales de la ubicación de la guardia, almacenes, pozos de agua, distancias, rutina del castillo, etc; haciendo un mapa mental de la zona. Todo esto era de gran utilidad para planificar sus misiones.
Castillo de Osaka
Kyoto
Castillo de Iga-Ueno
